13세기 초, 오랫동안 부족단위로 유목 생활을 하던 몽골족이 통일된 국가를 형성하면서 동북아 정세가 급격히 변하였다. 몽골이 금을 공격하고 북중국을 점령하자, 고려와 몽골의 접촉도 시작되었다. 고려에 대해 무리한 요구를 일삼던 몽골은, 고려를 방문했던 몽골 사신이 귀국길에 피살된 사건을 구실로 대군을 이끌고 침략하였다(1231). 이로부터 고려는 40여 년 동안 몽골과 전쟁을 벌였다. 

무신 정권은 수도를 강화도로 옮기고, 주민을 산성과 섬으로 피난시킨 뒤 항전과 외교를 병행하면서 저항하였다. 이 기간에 김윤후가 이끈 민병과 승군이 처인성(경기 용인)에서 몽골 장수 살리타의 군대를 물리치는 등 일반 민중의 항쟁이 이어졌다. 특히, 사회적으로 천대받던 노비와 부곡(천민 집단 부락《농업·수공업 등을 하며 차별 대우를 받았음》) 지역의 주민까지도 몽골에 대항하여 싸웠다. 

고려 조정에서 몽골과 강화를 맺자는 주화파가 득세하고, 최씨 정권이 무너지면서 전쟁은 끝났다. 몽골은 고려를 완전 정복하겠다는 처음의 계획을 포기하고, 고려의 주권과 고유한 풍속을 인정하였다. 이것은 고려의 끈질긴 저항이 안겨 준 결과였다. 

무신 정권이 종식되면서 고려 정부가 개경(개성)으로 환도(1270)하자, 대몽 항쟁에 앞장섰던 삼별초는 배중손의 지휘 아래 반기를 들었다. 개경 환도를 몽고에 대한 항복과 종속으로 받아들이고 강력히 반발하였다. 이들은 원종의 해산 명령을 무시하고 몽고군과 굴욕적인 휴전에 반대하며 강화도에서 반란을 일으켰다. 

삼별초는 원래 「야별초」라는 군부대에서 기원한다. 그리고 이 야별초는 처음 치안 유지를 위한 것이었다. 이 부대는 무신 권력자인 최우에 의하여 설치되었기 때문에 다분히 친위적 성격을 갖는 군사 조직이었다. 몽고와의 전쟁이 장기화되면서 삼별초의 군사 조직이 갖는 중요성과 기능은 계속 확대되었으며, 이에 따라 그 규모도 증가하였다. 그리하여 야별초는 좌별초와 우별초로 나뉘었고, 여기에 몽고군에 포로로 잡혔다가 탈출해 온 장정들로 신의군을 조직하면서 삼별초가 되었다. 

삼별초는 백성들이 농성 중인 산성이나 섬에 수십 명 또는 수백 명이 파견되어 함께 싸우기도 하고, 때로는 유격전을 벌이기도 하였다. 이렇게 몽고군에 대항해 함께 싸운 경험은 훗날 삼별초의 항쟁에 농민들이 적극 호응하게 되는 배경이 되었다. 

1270년 6월 배중손은 몽고의 직접적 관리 하에 들어간 개경 정부를 부정하고, 왕족인 승화후 온을 왕으로 옹립하고 강화에 새로운 정부를 수립하였다. 대몽 정부인 이 새 정부야말로 진정한 고려 왕조의 계승자임을 자처하였다. 삼별초의 항쟁은 무신 정권의 잔여 세력들이 왕권 강화와 친정 체제 구축을 시도하는 원종에 도전하는 성격을 갖고 있었다. 그러나 원종의 이런 정치적 움직임은 몽고의 후원을 배경으로 이루어진 것이었기 때문에 삼별초의 항쟁은 자연히 반몽적인 민족 항쟁으로서의 성격을 가지게 되었다. 

* 삼별초의 항쟁

강화도의 삼별초군은 1천여 척의 함선을 타고 진도로 이동하였다. 진도는 경상도와 전라도를 잇는 길목이며, 이를 거점으로 나주와 전주 등지를 장악, 한반도 남부에 과거 후백제 정권과 같은 강력한 정권을 일단 확립할 수 있으리라는 기대가 있었다. 8월 19일 진도에 도착한 삼별초군은 진도 북쪽에 용장성을 쌓고, 전라도와 경상도 일원을 제압하였고 제주도까지 장악하였다. 반란 당시 이를 진압할 병력조차 제대로 없었던 개경 조정은 몽고에 원군을 요청하였다. 1270년 11월 김방경 등이 이끄는 여 ․ 몽 연합군은 진도로 진출하다가 삼별초의 반격으로 대패하였다. 그러나 1271년 5월 상당수의 삼별초 병력이 인근 남해안 일대에 나가 있는 사이에 개경의 정부군과 몽고군은 기습적으로 진도에 상륙하여 공격을 감행하였다. 공격을 전혀 예상치 못하였던 삼별초군이 조직적인 저항을 벌일 사이도 없이 진도성은 함락되었고, 승화후 온과 배중손도 전사하였다. 

 진도를 잃은 삼별초군은 김통정의 지휘로 제주도로 본거지를 옮겨 항쟁을 계속하였다. 이제 13세기 반몽 항전 역사의 모든 무게 중심은 제주도에 집중되었다. 1272년부터 삼별초군은 다시 활동을 재개하여 본토를 공격하기 시작하였다. 1273년 2월 여 ․ 몽 연합군 1만 5천여 명, 160척 선단은 3군으로 편성되어 영산강을 출발, 추자도를 거쳐 제주의 삼별초군을 포위하고 공격하였다. 삼별초군은 끝까지 저항하였으나, 김통정은 산중으로 도피하였다가 죽고, 나머지도 모두 전사하거나 포로가 됨으로써 3년여에 걸친 항쟁은 종식되었다. 김통정은 강력한 카리스마를 가지고 대륙으로부터의 침략 세력에 대항한 영웅, 그러나 자신의 뜻을 펼치지 못하고 좌절한 「비운의 영웅」이었다. 

* 제주 항파두리 항몽 유적 토성(항파두성)

아마 제주 삼별초의 지휘자 김통정이 가졌던 카리스마는 진도의 지휘부가 가졌던 그것보다 훨씬 강력하였던 것 같다. 제주 삼별초에 있어서 가장 중요한 문제는 제주 토착민과의 합리적 관계 설정, 그리고 여몽군의 침입을 대비한 방어시설의 조속한 구축이었다. 그리하여 제주 삼별초의 거점으로 마련된 것이 애월읍에 소재한 항파두성이었고, 여몽군의 제주도 상륙 차단을 위한 「환해장성」이 해안을 따라 구축되었다. 

북제주군 애월읍 소재 대략 6km 길이의 항파두성(사적 396호)은 내외 2중으로 만들어졌으며 성의 동서 양측으로 고성천과 소왕천의 두 소하천이 깊은 계곡을 형성하고 있다. 이 때문에 항파두성은 토축만으로도 대단히 견고한 요충이 되고 있다. 이 성은 다음 몇 가지 점에서 주목을 끈다. 우선 이 성은 13세기 고려 성곽의 한 예를 보여주는 사례가 된다. 대개 우리나라의 성곽은 여러 시대 장기간에 걸쳐 사용되고 수축된 경우가 많다. 삼국시대에 만들어져 근대에 이르기까지 사용되고 근년에 보수 복원되는, 1500년 동안 보수와 재수축이 되풀이된 성곽의 예도 적지 않다. 이 경우 성곽이 갖는 시대적 성격이 모호해지는데, 항파두성의 경우는 「13세기 후반」이라는 역사성을 분명히 가지고 있다는 점이 중요하다. 둘째, 도성으로서의 성격에 주목할 필요가 있다. 즉 이 성은 산성과 같이 유사시 단순한 방어성으로 만들어진 것이 아니라, 개경이나 강도와 같은 하나의 도성을 건설한 것이라는 점이다. 이 점에서 항파두성의 중요성은 성곽의 축성에만 있는 것이 아니라, 성안에 배치하였을 제반 성내 구조가 중요한 연구과제가 된다. 셋째, 이 성은 13세기 이후 후대에 거의 사용되지 않은 시설이었다는 점에서 이 시기의 자료를 충실히 보존하고 있다는 점에서 중요하다. 

제주 삼별초는 역사적 사건으로서 매우 극적인 요소를 가지고 있다. 한반도 북쪽 국경선 압록강 하류에서 1231년 개시된 전쟁은 40여 년 후, 고려의 최남단 해양의 제주도가 그 마지막 무대가 된다. 그것은 여몽전쟁의 치열하고 복잡하였던 양상을 단적으로 보여준다. 그 오랜 세월의 흐름 속에서 정권의 주역이었던 항몽세력은 제주에서 반정부의 소수세력이 되어 「붉은오름」의 죽음으로 그 최후를 장식하였다. 제주 삼별초의 항전을 끝으로 고려의 항몽전쟁 40여 년은 그 대단원의 막을 내린다. 그 최후 단계였던 삼별초의 항전은 반몽 ․ 반개경정부라는 역사적 성격을 분명히 함으로써 역사의 큰 흔적을 남겼다.